Shippuuden цитирует события второй части манги "Наруто", которая началась издаваться около двух лет назад. Новая история "Наруто" начинается два года спустя после окончания первой части аниме и манги. Герои подросли, и теперь ничто не встанет на их пути и ничто не помешает им достигнуть цели - вернуть Саскэ. Однако коварная организация Акацуки не дремлет и первой делает свой ход. Команда Какаси вынуждена отправиться на помощь бывшему сопернику, а нынче другу Наруто. Так начинается новое приключение повзрослевшего оранжевого ниндзя.